آیت الله سیستانی بی شک ،از پرنفوذترین و و مقتدرترین مراجع شیعه بعد از فروپاشی امپراطوری عثمانی و تشکیل کشور عراق است .منش و سلوک سیاسی معظم له همواره بر حفظ تمامیت ارضی عراق و وحدت بین گروه های سیاسی در عراق بوده است.بعد از حمله امریکا به عراق و ساقط شدن رژیم بعثی صدام ،آیت الله سیستانی همواره به عنوان یک مرجع دینی مورد تصدیق ،تمام نیروهای سیاسی اعم از شیعه ،سنی و کردها بوده است که به ایشان جنبه یک پدر و یک پیشوای سیاسی فرا جناحی بخشیده است .

موضع گیری های ایشان در بزنگاه های تاریخی ،همواره افق روشنی از عراق یکپارچه به نمایش گذاشته به گونه ی که امریکا هم مجبور شده است ملاحظات ایشان را، در تدوین راهبردهای کلان عراق ،لحاظ کرده و به نقش ایشان در ایجاد صلح و ثبات عراق اذعان کند.

سلوک سیاسی ایشان، پرهیز از سیاست های خرد و بازی های سیاسی احزاب مختلف است و در مقابل در برابر هر نوع خطری که به تمامیت ارضی عراق خدشه وارد کند وارد عمل می شود .ایشان نقش مرجعیت شیعه را در اذهان داخلی و بین المللی بهبود بخشیده است .

بعد از تحولاتی که منجر به جنایت های داعش در عراق شده است ایشان طی فتوایی تاریخی جهاد با داعش را واجب کفایی دانسته و مرگ در راه وطن را، شهادت خطاب کرده به گونه ی که بعد از فرمان ایشان بیش از سه میلیون نفر از مردان برای جنگ با داعش اعلام امادگی کردند.

متن فتوای ایشان اینگونه است : «در مورد شهدایی که در راه دفاع از وطن کشته می شوند ، باید گفت این ها جزء شهدای طراز اول اند یعنی غسل داده نمی شوند و کفن هم نمی شوند و تنها بر ایشان نماز خوانده می شود و پس از آن دفن می شوند.»

در این برهه که عراق تغیبیرات و تحولات زیادی را به خود می بیند این مرجع عالیقدر  با اشراف خود بر اوضاع عراق و موضع گیری ها و رهنمودهای به موقع مانند جریان انتخاب نخست وزیر و برخورد با داعشی ها و…. تاثیر گذاری بی نظیری بر حل و فصل امور داشته اند.